Anna Freud munkásságában több olyan terület is van, ahol bizonyos ellentmondások vagy kritikus nézőpontok felmerültek, különösen az apja, Sigmund Freud elméleteihez való viszonya és az ő saját pszichológiai megközelítései kapcsán. Íme néhány kulcsfontosságú ellentmondás, amelyek gyakran felmerülnek Anna Freud tevékenységével kapcsolatban:

1. Kapcsolata Sigmund Freud munkásságával: Anna Freud apja, Sigmund Freud árnyékában kezdte pszichoanalitikai karrierjét, és élete során gyakran kritizálták, hogy nem volt elég innovatív, és inkább hű maradt az apja elveihez, mintsem hogy saját újító elméleteket fejlesztett volna ki. Bár jelentősen hozzájárult az ego pszichológia fejlődéséhez, sokan úgy látják, hogy ő maga is egyfajta védelmező szerepet játszott az apja hagyományos elméleteivel szemben, nem pedig valódi újítóként.
2. Ego pszichológia és a tudattalan: Sigmund Freud nagy hangsúlyt fektetett a tudattalan és az ösztönén (id) szerepére az emberi pszichében, míg Anna Freud inkább az ego, vagyis az én szerepét emelte ki, különösen annak védekező mechanizmusait. Ez az eltérés ellentmondásokat szült a pszichoanalízis irányzatai között. Egyes kritikusok szerint az ego pszichológia túlzottan a tudatos kontrollra és az én védekező mechanizmusaira fókuszált, miközben háttérbe szorította a mélyebb, ösztönös dinamikákat.
3. Az objektív távolságtartás és az empátia kérdése: Anna Freud a gyermekek analízisében hangsúlyozta a terapeuta és a gyermek közötti távolság fenntartásának fontosságát, hogy elkerüljék a túlzott érzelmi kötődést a terápiás kapcsolatban. Ezzel szemben más, gyerekekkel foglalkozó pszichoanalitikusok, mint Melanie Klein, épp a mélyebb érzelmi kapcsolatok kialakítását tartották fontosnak a terápia során. Anna Freud módszerei ezért néha hidegnek és túlzottan merevnek tűnhettek más megközelítésekhez képest, ami kritikákat váltott ki a pszichoanalitikai közösségben.
4. A háborús trauma vizsgálata és a valós környezet figyelembevétele: Anna Freud sokat foglalkozott a második világháború alatt és után a háborús trauma hatásaival a gyermekekre, és számos fontos következtetést vont le a gyermeki fejlődés és a trauma kapcsolatáról. Ennek ellenére egyes kritikusok szerint a tanulmányai nem mindig helyezték elég hangsúlyt a gyermekek kulturális és társadalmi környezetére, amelyek szintén befolyásolják a trauma feldolgozását. A környezet és a pszichológiai fejlődés közötti kapcsolat figyelmen kívül hagyása esetenként hiányosságnak tekinthető az elméleteiben.
5. A gyermekek természetes kísérleteinek etikája: A második világháború alatt Anna Freud és Dorothy Burlingham több árvaházban és menedékhelyen végzett megfigyelést a gyermekek pszichológiai fejlődéséről. Bár ezek a vizsgálatok úttörőek voltak, és fontos tanulságokkal szolgáltak, egyes kritikusok az etikátlan kísérleti módszereket emelik ki. A háborús környezetben élő gyermekek megfigyelése során nem mindig biztosították a beavatkozások és megfigyelések átláthatóságát vagy a gyerekek hosszú távú érzelmi jólétét.
6. A szexualitás és fejlődés kérdése: Sigmund Freud pszichoanalitikai elméleteiben a gyermeki szexualitásnak és a pszichoszexuális fejlődési fázisoknak nagy szerepe volt, míg Anna Freud sokkal inkább a gyermekek viselkedési és érzelmi fejlődésére koncentrált. Ez az eltérés egyes kritikusok szerint hiányosságokat hagyott az elméletében, mivel nem vizsgálta mélyebben a gyermekek szexualitásának hatását a pszichés fejlődésükre, miközben apja elméleteiben ez központi szerepet játszott.

Összességében Anna Freud munkássága meghatározó volt a gyermekpszichológia és az ego pszichológia fejlődésében, de bizonyos kérdésekben, különösen a módszertan, a terápiás kapcsolatok és az elméleti irányvonalak tekintetében ellentmondások merültek fel. Ezek az ellentmondások azonban egyben arra is rávilágítanak, hogy a pszichológia és a pszichoanalízis dinamikusan fejlődő területek, ahol a különböző megközelítések gazdagítják a tudományágat, és új irányokat jelölhetnek ki a kutatás és a terápia számára.